Район был образован 2 июня 1924 года в составе Кубанского округа Юго-Восточной области. В его состав вошла часть территории упраздненного Славянского отдела Кубано-Черноморской области. Первоначально район включал в себя 28 сельских советов: Благодарненский, Верхнеадагумский, Верхнемеретукский, Володарский, Гладковский, Горно-Веселый, Греческий, Дружный, Киевский, Котляревский, Красный, Крымский, Крымско-Слободский, Ленинский, Лесной, Мелиховский, Молдаванский, Неберджаевский, Нижнебаканский, Нижнемеретукский, Новоукраинский, Павловский, Подгорный, Псебепский, Русский, Садовый и Черноморский, Свободненский, Тихий.

С 16 ноября 1924 года район в составе Северо-Кавказского края.
10 октября 1925 года Крымский район был передан в состав Черноморского округа.
27 февраля 1930 года из части территории Крымского района и Абинского района Кубанского округа был образован Греческий национальный район с центром в станице Крымской.
16 февраля 1932 года в состав района была включена территория упраздненного Абинского района.
С 10 января 1934 года район в составе Азово-Черноморского края.
31 декабря 1934 года Абинский район был восстановлен.
10 августа 1935 года Крымский район был упразднен, его территория вошла в состав Греческого района.
22 февраля 1938 года Греческий район был переименован в Крымский, а районный центр перенесен в станицу Крымская.
16 апреля 1940 года часть территории Крымского района вошла в состав вновь образованного Варениковского района с центром в станице Варениковская.
22 августа 1953 года в состав района вошла часть территории упраздненного Варенниковского района.
11 февраля 1963 года в состав района вошли сельские советы Абинского и упраздненного Северского районов.
12 января 1965 года был восстановлен Абинский район, а 30 декабря 1966 года — Северский район.
4 сентября 1981 года город Крымск был отнесен к категории городов краевого подчинения и выведен из состава района, оставаясь его центром.
В 1993 году была прекращена деятельность сельских Советов, территории сельских администраций преобразованы в сельские округа.
В 2005 году в районе были ликвидированы администрации сельских округов и образованы 11 муниципальных образований, включая город Крымск.
7 июля 2012 года — в районе произошло разрушительное наводнение, в результате которого погибло более 130 человек[3]. В общей сложности в зоне бедствия в районе оказалось 12 тысяч человек, более 4 тысяч домов, 12 социальных объектов — школы, детские сады, два медицинских склада[4].